Il complesso ecclesiale e monastico di Nekresi si trova in cima ad una costa montagnosa nel territorio di Kakheti ed è possibile che le sue origini vadano cercate in epoche anteriori all'affermarsi del cristianesimo perché nella stessa località sono state scoperte iscrizioni in kartvelico risalenti al I-III secolo.
Il primo edificio, una cappella ancora esistente, venne fatta costruire nel IV secolo, sotto il regno di Tiridate. Nekresi divenne rapidamente un centro culturale di primaria importanza, anche prima che venisse costruita la Chiesa della Santa Vergine, risalente al VI-VII secolo. Nel VI secolo Abibos, uno dei dodici Padri Siriaci, fu a capo dell'eparchia di Nekreti e finì ucciso dai persiani che lo accusavano di ostacolare la diffusione dello zoroastrianesimo. In un'area sottoposta per millenni a scorrerie arabe e persiane, secondo la tradizione Nekresi si sarebbe salvato in più di un caso dal saccheggio all'ultimo momento e in modo più o meno miracoloso.
Gli ultimi tempi di grandezza risalgono al XVI secolo; l'interno della chiesa ha affreschi che furono realizzati in quel periodo.

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