Il monastero di Ikalto sarebbe stato fondato da Zenone, uno dei tredici padri siriani, alla fine del VI secolo; insieme con quello di Gelati ha rappresentato uno dei principali centri di formazione religiosa della Georgia e si dice che Shota Rustaveli abbia studiato qui, nel XII secolo.
Se l'accademia venne distrutta da un'invasione persiana nel 1600, le tre chiese del complesso esistono tutt'oggi.